Năm 1960, sau khi tốt nghiệp Đại học Dược Hà Nội, ông được giữ lại trường làm cán bộ giảng dạy tại Bộ môn Dược liệu. Trong quá trình công tác, ông vừa giảng dạy, vừa tập trung nghiên cứu về dược liệu, đặc biệt là mảng y dược học cổ truyền. Vượt qua nhiều khó khăn trong quá trình nghiên cứu, ông đã nghiên cứu và phân loại thành công chi Dicentra[1] và chi Strychos[2] ở Việt Nam, và được thế giới công nhận.
PGS.TSKH Trần Công Khánh (trái) giới thiệu những tư liệu nghiên cứu với cán bộ
Trung tâm Di sản các nhà khoa học Việt Nam
Năm 1993, với ý tưởng thành lập một tổ chức chuyên sâu nghiên cứu cây thuốc cổ truyền của người dân tộc thiểu số vùng cao, PGS.TSKH Trần Công Khánh đã cùng với một số cộng sự thành lập Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển cây thuốc dân tộc cổ truyền (CREDEP). Từ đó đến nay, với vai trò Giám đốc Trung tâm, ông đã xây dựng các dự án tìm kiếm, phát triển, nhân rộng cây thuốc ở các vùng đồng bào dân tộc thiểu số như cây thuốc Hoàng tinh cách, Bổ cốt toái của đồng bào người Thái ở Nghệ An; Các loại thảo dược của người Dao ở Sapa (Lào Cai)… Các dự án đó không chỉ đem lại lợi ích về kinh tế, mà còn đem lại thu nhập cho đồng bào dân tộc bản địa, góp phần phát triển địa phương. Nhiều cây thuốc từ các dự án do PGS.TSKH Trần Công Khánh và đồng nghiệp thực hiện đã trở thành thương hiệu được nhiều người biết đến như lá thuốc tắm của người Dao đỏ có công dụng chữa các bệnh đau nhức xương, khớp, cảm cúm, tăng cường thể lực của phụ nữ sau sinh hoặc người sau khi ốm…
Phạm Ngọc Hải