Trong những năm kháng chiến chống Pháp, ông là y tá thuộc Trung đoàn 148 Sơn La, là học viên trường Quân Y sĩ Việt Bắc (1949-1951). Giống như nhiều sinh viên y khoa bấy giờ, ông vừa đi chiến dịch vừa học, tranh thủ mọi lúc mọi nơi để học. Mặc dù chỉ là một y tá, nhưng từ năm 1951 đến 1954, ông được cấp trên giao cho trọng trách nặng nề là Trưởng ban Quân y Trung đoàn 209, Sư đoàn 312. Trong hành trang của y tá Lê Thế Trung luôn có những cuốn sổ tay rất dày, chữ ghi rất nhỏ những kiến thức ngoại khoa, kinh nghiệm xử lý các tình huống cấp cứu cho thương binh.
 |
| Huy hiệu Chiến sĩ Điện Biên Phủ và ghi chép của GS.TSKH Lê Thế Trung |
Những ngày nóng bỏng ở mặt trận Điện Biên Phủ, các dụng cụ quân y tối thiểu như dao mổ thì có, nhưng thô sơ. Các y bác sĩ phải mua những mảnh bầu khô, gáo dừa của dân, về cưa ra để làm dụng cụ cầm máu. Những chỗ khuỷu tay, mạch máu bị đứt, khi băng không thể ép cầm máu được thì tì các mảnh bầu khô bên ngoài, cột lại, sẽ ép cho mạch máu không bị hở và chảy máu, dần dần liền lại. Không có nhiều dịch truyền, thì đun nước cất, tự pha chế lấy. Ánh sáng mổ thì từ chiếc đèn pin treo phía trên, vì đèn dầu, đèn măng-sông không có; vả lại ánh sáng quầng thì dễ bị địch phát hiện. Ca nào cấp cứu thì phải mổ ngay, ca nào trì hoãn được thì chuyển tuyến sau, có những ca điều trị ngay tại chiến hào để anh em tiếp tục trở lại chiến đấu. Anh em cứu thương, ngoài việc chuyển thương binh còn có thêm nhiệm vụ thu đồ cứu thương của địch. Mỗi khi lấy được đồ mổ, đồ hấp, bông băng thì vô cùng sung sướng, vì có thêm điều kiện cứu chữa bộ đội mình.
Còn nhớ có lần có một y tá bị mảnh pháo, dập nát tay trái và chân phải, buộc phải cắt bỏ để bảo toàn tính mạng. Vừa cưa tay và chân của y tá ấy, bác sĩ Trung vừa thương đến trào nước mắt. Những năm tháng chiến tranh, tình người giữa thầy thuốc với thương binh đã cảm động rồi, nhưng giữa thầy thuốc với thương binh là y tá của mình lại càng cảm động, xót xa hơn.
Chiến dịch Điện Biên Phủ kết thúc, bác sĩ Lê Thế Trung được cử lên Tây Bắc làm Chủ nhiệm Quân y, Trung đoàn 254, 53, Sư đoàn 350. Với tinh thần vươn lên và quyết tâm học tập không ngừng nghỉ, từ năm 1956-1957, ông theo học lớp y sĩ cao cấp của trường Sĩ quan Quân y, rồi làm Phó chủ nhiệm Quân y Quân khu Tây Bắc, Viện trưởng Viện Quân y 6. Từ năm 1958 trở đi, ông trở về công tác tại Viện Quân y 103 và gắn bó với nơi này cho đến hết cuộc đời mình. Những kinh nghiệm cứu chữa thương binh trong thời gian tham gia chiến dịch Điện Biên Phủ được GS Lê Thế Trung ghi chép, tập hợp lại nhằm mục đích tổng kết lại công tác này. Bản ghi chép đó được lưu trữ và trưng bày tại Bảo tàng Di sản các nhà khoa học Việt Nam cùng với bản thảo ghi sơ đồ cứu chữa thương binh trong chiến dịch Điện Biên Phủ, Huy hiệu Điện Biên Phủ và sổ lịch tay năm 1954 ghi một số công việc và những sự kiện lịch sử diễn ra trong năm của ông.