Ông sinh ra ở huyện Hương Sơn, Hà Tĩnh, là một tiểu vùng văn hóa có truyền thống hiếu học với nhiều dòng họ lớn như Nguyễn Khắc, Hà Huy, Đinh Nho… và nhiều danh nhân văn hóa lớn. Tuy nhiên, làng Sơn Trà (trước 1945 là làng Đôn Mỹ) nơi ông được sinh ra lại là vùng quê nghèo và không có nhiều danh nhân lớn. Quê ông thuộc vùng núi, thiếu nước, sống chủ yếu bằng nghề nông, không có các nghề phụ khác nên đời sống người dân khó khăn. Cả tuổi thơ của ông gắn với vùng quê nghèo đói “ăn khoai cả vỏ, một chậu nước dùng 4 lần”. Nhưng con người ở đây lại ham học, cha ông là một thầy giáo nên được bà con quý mến và kính trọng. Mẹ ông là người phụ nữ chăm chỉ, chịu khó. Ông là con trai cả nên được gia đình luôn tạo điều kiện để ăn học.
GS Phong Lê chia sẻ thông tin với nghiên cứu viên, tháng 1-2016
Từ năm 1956, ông xa quê ra Hà Nội học đại học, đến nay đã 60 năm, nhưng mỗi lần nói đến quê hương, GS Phong Lê không khỏi rơi nước mắt: “Thời gian tôi sống ở quê chỉ bằng một phần tư thời gian tôi ở Hà Nội, nhưng tôi luôn tự hào mình là người Nghệ. Truyền thống văn hóa xứ Nghệ cũng như cái khó, cái đói của quê nhà đã làm nên một con người tôi như ngày hôm nay. Tôi luôn nghĩ, nếu mình sinh ra ở một vùng quê khác, có lẽ tôi không có được nhiều thứ như bây giờ. Quê hương luôn là động lực cho tôi vươn lên trong cả cuộc đời”.
Bùi Minh Hào