Sau khi học ba năm Đại học Bách khoa Hà Nội, năm 1959, sinh viên Khóa 1 Nguyễn Duy Hạnh được phân công về Học viện Thủy lợi. Giai đoạn này Học viện Thủy lợi đảm nhiệm cả 3 chức năng: nghiên cứu khoa học, đào tạo đại học và đào tạo trung cấp kỹ thuật ngành Thủy lợi. Bên cạnh việc giảng dạy cho những sinh viên hệ trung cấp, giảng viên Nguyễn Duy Hạnh cũng đã chú trọng đến việc biên soạn sách về lĩnh vực chuyên môn ông đang giảng dạy. Đầu năm 1964, cuốn sách “Lý thuyết và thực hành thủy điện” của tác giả Nguyễn Duy Hạnh đã được xuất bản. Đây là một trong những quyển sách đầu tiên về chuyên ngành Thủy điện lúc bấy giờ nên được nhiều người trong ngành biết đến.
Cũng trong năm 1964, lãnh đạo tỉnh Hà Tây quyết định xây dựng một trạm thủy điện ở xã Minh Quang- nơi từng là căn cứ quân sự của quân và dân ta trong kháng chiến chống Pháp. Họ đã đến trường Đại học Xây dựng Hà Nội, trường Đại học Bách khoa Hà Nội đặt vấn đề giúp đỡ địa phương. Và họ đã được giới thiệu đến gặp giảng viên Nguyễn Duy Hạnh.
Vừa chịu trách nhiệm thiết kế, giảng viên Nguyễn Duy Hạnh đồng thời cũng phải lo chuẩn bị các máy móc cần thiết cho việc lắp đặt trạm thủy điện. Thời kỳ này do nước ta chưa chế tạo được máy phát điện nên Nguyễn Duy Hạnh đã tìm máy phát điện cũ của Trung Quốc, đến xưởng Cơ khí Trần Đăng Ninh (Hà Tây) mua một số thiết bị và đặt chế tạo tua bin do ông thiết kế. Sau khi các linh kiện và máy móc cần thiết đã được chuẩn bị đầy đủ, Nguyễn Duy Hạnh cùng giảng viên Nguyễn Duy Thiện đưa sinh viên đến xã Minh Quang để tiến hành việc lắp đặt trạm thủy điện nhỏ với công suất gần 100KW, chủ yếu phục vụ nhu cầu thắp sáng và nghe đài của người dân. Tại thời điểm này, cả nước mới chỉ có Nhà máy Thủy điện Tà Sa, Na Ngàn do Pháp để lại, Nhà máy Thủy điện Bàn Thạch do Liên Xô xây dựng… nên trạm thủy điện ở xã Minh Quang mặc dù có công suất không lớn nhưng là trạm thủy điện đầu tiên do kỹ sư Việt Nam lắp đặt, tạo một tiếng vang lớn ở nước ta và đánh dấu thành công bước đầu đối với giảng viên Nguyễn Duy Hạnh. Trong buổi khánh thành trạm thủy điện tại xã Minh Quang có nhiều Ty công nghiệp, các ngành của các tỉnh đến tham dự với mục đích tham quan, tìm hiểu địa hình để có thể áp dụng xây dựng trạm thủy điện cho tỉnh mình. Từ thành công bước đầu, sau này Nguyễn Duy Hạnh đã tiến hành xây dựng một số trạm thủy điện nhỏ cho Quân chủng Phòng không Không quân, Binh chủng Công binh ở các tỉnh Quảng Ninh, Lạng Sơn, Bộ Công nghiệp thực phẩm…
Với những đóng góp đó, giảng viên Nguyễn Duy Hạnh được tặng danh hiệu Chiến sỹ thi đua, sau đó ông được cử làm nghiên cứu sinh ở Rumani (1972).
Nguyễn Thị Phương Thúy